室町时代的布南时代（1444-1448），这一地区已经有一座天台宗的巨大寺庙——石泉寺。境内有一座供奉大津日吉大社神灵的神社，被称为“三王宫”。在随后的大阪夏季之围期间，赤川寺被大火烧毁，但神社幸存下来并被供奉为附近的守护神。明治元年改名为“日吉神社”。 1889年，因淀川扩建工程，寺院北部被征用，正殿向南移动200米至现址。七月的夏季祭典会举办祭典、渡行、神乐、舞狮等活动。